La formation en Bac Pro Conduite et Gestion de l'Entreprise Agricole se déroule sur 3 ans en alternance (voie scolaire sous contrat avec le Ministère de l'Agriculture et de la Souveraineté Alimentaire) avec possibilité d'apprentissage. Elle vise à former de futurs professionnels qualifiés et autonomes sur leur poste de travail, maîtrisant les techniques de productions et d'élevage, et capables de gérer une exploitation. L'objectif est de découvrir les secteurs professionnels de la polyculture et de la conduite d'élevage, par le biais de stages ou d'un apprentissage en entreprise, et d'activités pédagogiques au sein de la MFR (visites d'exploitations, conduite d'engins, sorties sur des salons professionnels, cours d'équitations...). Trois supports sont proposés au cours du cursus : support élevage ruminants (bovin, ovin, caprin), support grandes cultures ou support élevage équin.
Les temps de vie résidentielle en MFR permettent d'apprendre le vivre-ensemble, dans le cadre bienveillant offert par l'accompagnement des formateurs. En 2ème année, un séjour de 2 semaines à l'étranger dans le cadre Erasmus + permet la découverte et l'ouverture vers d'autres pratiques professionnelles.